H-InvDB x AHG DB
Evola CSM
H-InvDB_6.2 released on March 30, 2009.
H-InvDB Advanced Search
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[ English ] ↑ 検索例: lung cancer (Keyword), AB002303 (Accession number), RHEB (Gene symbol)
Evola CSM とは
Evola CSM (http://www.h-invitational.jp/csm/) では、ヒトの遺伝子転写産物(cDNA)を他の霊長類ゲノム(チンパンジー、オランウータン、アカゲザル)に異種間マッピング(cross-species mapping, CSM)して比較することで、特にこれまで機能未知のヒト転写産物がタンパク質をコードするかどうか(coding potential)を判定することを目的としています。進化の過程でのコード領域の塩基置換がアミノ酸の変化を伴わない同義置換に偏ることを判定に利用しています。H-InvDBで予測されたヒトのコード領域(CDS)と霊長類ゲノムとのアラインメントをウィンドウ解析(20-codon window with 1-codon step)し、同義置換率(dS)と非同義置換率(dN)に有意な差(P < 0.01, Fisher's exact test)がみられた場合に、ヒト転写産物をタンパク質コード("Protein-coding [conserved]")と判定しています。それらのうち、フレームシフトやストップコドンの挿入により、ヒトのコード領域の長さが霊長類ゲノム上で50%未満しか保存されていない場合、"Protein-coding [partially conserved]"と判定しています。[ Sample ]
更新情報
Evola CSM 6.0 統計情報
ヒト転写産物数
ヒト Human 
hg18
52,149
霊長類ゲノムにマッピングされたヒト転写産物数
チンパンジー Chimpanzee 
panTro2
48,689
オランウータン Orangutan 
ponAbe2
49,046
アカゲザル Rhesus monkey 
rheMac2
48,680

関連サイト - Evola: Evolutionary annotation database, G-compass: Comparative genome browser