H-DBAS - ヒトの選択的スプライシングデータベース

H-DBASは、H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング（alternative splicing, AS）のデータベースです。H-DBASの特徴は以下の通りです

ヒト・マウス・チンパンジー・アカゲザル・ラット・イヌの6生物種から成る8つのデータセットから、代表ASバリアント（Representative AS variant, RASV）を同定して公開しています。データセットの内容と生物種との対応は以下の通りです

ヒトのRASVとマウス・チンパンジー・アカゲザル・ラット・イヌのRASVについて、ゲノムを介した比較によってRASV単位での種間保存である同一スプライシングバリアント（equally-spliced variant, ESV）を同定して公開しています。比較したデータセットの組み合わせは以下の通りです

Shimada, M. et al. (2010) A comprehensive survey of human polymorphisms at conserved splice dinucleotides and its evolutionary relationship with alternative splicing. BMC Evolutionary Biology 10:122
Takeda, J. et al. (2010) H-DBAS: human-transcriptome database for alternative splicing: update 2010. Nucleic Acids Research 38 (Database Issue), D86-D90 H-DBASの最新論文
Takeda, J. et al. (2008) Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs. Nucleic Acids Research 36 (20), 6386-6395
Takeda, J. et al. (2007) H-DBAS: Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational. Nucleic Acids Research 35 (Database Issue), D104-D109
Takeda, J. et al. (2006) Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. Nucleic Acids Research 34 (14), 3917-3928
Imanishi,T. et al. (2004) Integrative annotation of 21,037 human genes varidated by full-length cDNA clones. PLoS Biology 2 (6), 856-875