代表ASバリアント(RASV)の判定法

ASの機械的な判定を以下のように行った(図1)。1.同一ローカス内において、転写物のエクソン−イントロン境界のゲノム位置を比較した。比較では、±2 bpの揺らぎを許した(2 bpまでの誤差であれば、同一境界とみなした)。2.最初か最後のエクソンが、他の転写物のイントロンに含まれていれば、それらを5'末端または3'末端ASとした。3.内部のエクソンが、他の転写物のイントロンに含まれていれば、それらを内部ASとした。同定されたASは、更に5つの基本的なASパターン(図2)と、転写開始・終結に関係するASパターンに分類した(図3)。


図1 ASの判定法



図2 基本的なASパターン



図3 転写開始・終結に関係するASパターン