H-DBAS - ヒトの選択的スプライシングデータベース

H-DBASは、H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング（alternative splicing, AS）のデータベースです。H-DBASの特徴は以下の通りです

ヒト・マウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの6生物種から成る8つのデータセットから、代表ASバリアント（Representative AS variant, RASV）を同定して公開しています。データセットの内容と生物種との対応は以下の通りです

ヒトのRASVとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌのRASVについて、ゲノムを介した比較によってRASV単位での種間保存である同一スプライシングバリアント（equally-spliced variant, ESV）を同定して公開しています。比較したデータセットの組み合わせは以下の通りです

ヒトのSNPが登録され、スプライスサイトやスプライスモチーフに存在する多型の観察が可能です
タンパク機能（タンパク機能モチーフ・遺伝子オントロジー・細胞内局在化シグナル・膜タンパクドメイン）に影響を与えるヒトRASVの観察が可能です
RNA-Seqタグを用い、ヒト細胞の特定の画分（細胞質・核・ポリソーム）で発現するジャンクションを検出して公開しています。RefSeqのジャンクションと比較することにより、ASジャンクションを持つバリアントの翻訳検証を行っています（結果はRNA-Seq解析ページから参照できます）

Shimada, M. et al. (2010) A comprehensive survey of human polymorphisms at conserved splice dinucleotides and its evolutionary relationship with alternative splicing. BMC Evolutionary Biology 10:122 [PubMed] [Full Text]
Takeda, J. et al. (2010) H-DBAS: human-transcriptome database for alternative splicing: update 2010. Nucleic Acids Research 38 (Database Issue), D86-D90 [PubMed] [Full Text] H-DBASの最新論文
Takeda, J. et al. (2008) Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs. Nucleic Acids Research 36 (20), 6386-6395 [PubMed] [Full Text]
Takeda, J. et al. (2007) H-DBAS: Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational. Nucleic Acids Research 35 (Database Issue), D104-D109 [PubMed] [Full Text]
Takeda, J. et al. (2006) Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. Nucleic Acids Research 34 (14), 3917-3928 [PubMed] [Full Text]
Imanishi,T. et al. (2004) Integrative annotation of 21,037 human genes varidated by full-length cDNA clones. PLoS Biology 2 (6), 856-875 [PubMed] [Full Text]