H-InvDB.

H-InvDB x AHG DB

Quick guide

	H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015.
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[English]

	MEDALS (medals.jp) 経済産業省統合データベースポータルサイト		リンク自動管理システム Hyperlink Management System
MEDALS (METI Database portal for LifeScience)は、経済産業省のライフサイエンス関連プロジェクトの成果であるデータベース、解析ツールの情報を整理したポータルサイトです。		リンク自動管理システムは、生命科学の主要なデータベース間のリンクを自動で管理するツールです。すべてのデータIDの対応表を毎日自動で更新しています。

	Locus view 遺伝子座アノテーションデータ表示画面		Transcript view 転写産物アノテーションデータ表示画面
Locus viewでは、各HIX(H-Invitational cluster) に対するゲノム上位置、遺伝子構造、スプライシングバリアント、遺伝子発現プロファイル、疾患との関連等のアノテーションデータをタブ/セクションに分類し数値データと画像イメージで提供しています。		Transcript view（旧：cDNA viewまたはmRNA view）では、各HIT(H-Invitational transcript) に対する遺伝子機能、CDS予測、機能性モチーフ予測、ジーンオントロジー（GO）、細胞内局在予測・立体構造予測等のアノテーションデータをタブ/セクションに分類し数値データと画像イメージで提供しています。
	Protein view タンパク質アノテーションデータ表示画面
Protein viewは、各HIP(H-Invitational protein) の機能、機能性モチーフ、細胞内局在予測、翻訳後修飾(PTM)、立体構造予測、相互作用等のアノテーションデータを提供する新規メイン画面です。

	G-integra ゲノムブラウザ		H-ANGEL 遺伝子発現データベース
G-integraは、ヒト、マウス、チンパンジー、ラットなど14生物種のゲノム地図と遺伝子構造を表示することができるゲノムブラウザです。各遺伝子、ESTのマッピング、異種間マッピング、遺伝子予測、反復配列等のゲノム上の位置および遺伝子構造の比較が可能です。		H-ANGELはヒト遺伝子の発現プロファイルデータベースです。7つのプラットフォーム、3種の実験手法から得られた、ヒト成人健常人の組織の遺伝子発現データを収集、10および40の組織・細胞カテゴリーに分類し、各HIXの発現情報プロファイルを提供しています。
	Evola 分子進化データベース		DiseaseInfo Viewer 疾患関連情報
ヒトとマウスやラットなどのモデル生物とのオルソログ情報を格納する分子進化データベースです。オルソログ配列にUniProtなどから得られた全生物の相同な配列を加えて作成したアラインメントと系統樹を提供しています。		DiseaseInfo Viewerは、既知疾患遺伝子と遺伝子座上に同座する遺伝性の形質についての情報を提供するデータベースです。各HIXとOMIM, MutationViewとの対応を提供しています。
	PPI view タンパク質間相互作用情報		Gene family/group 遺伝子ファミリー詳細アノテーション
PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI: Protein-Protein Interaction) 情報のデータベースです。タンパク質間相互作用データベース（BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct, GNP_Y2H）からデータの収集・統合を行いました。		手動アノテーションで精査された4つの既知遺伝子ファミリー・グループ、および自動アノテーションで定義された予測遺伝子ファミリー・グループについてH-Invitational gene family/group（HIＦ）と定義し、アノテーション情報を提供しています。

	PCDq タンパク質複合体データベース		H-EPD ヒト予測タンパク質全配列データベース
PCDqは、H-InvDBにおけるヒトタンパク質複合体、ヒトタンパク質間相互作用情報のデータベースです。		H-EPDは、MS/MS解析用サーチエンジンに利用可能なヒトの予測タンパク質配列を提供しています。H-InvDB独自の転写産物より予測されたH-Invタンパク質と、UniProtKB/Swiss-Prot・RefSeqの精査されたタンパク質の配列データを含み、プロテオーム解析における新規タンパク質の同定に活用できます。
	LEGENDA 疾患情報テキストマイニングデータベース		TACT 統合自動アノテーションツール
サービス終了しました。		サービス終了しました。
	H-DBAS 選択的スプライシングバリアントデータベース		VarySysDB 注釈付けられたヒト多型情報のデータベース
H-InvDBの各遺伝子座に存在する同一遺伝子構造を持つ複数のASバリアントから選抜した「代表ASバリアント」を定義することで、膨大なAS情報を体系的にまとめています。		転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-Inv転写産物と機能ドメインに関連づけて整備して公開しています。
	DNA ProbeLocator マイクロアレイプローブデータベース		H-Exp ヒト遺伝子発現プロファイルデータベース
サービス終了しました。		サービス終了しました。
	G-compass 比較ゲノムブラウザ		H-InvDBウェブサービス
ゲノムアライメントに基づくヒト-チンパンジー、ヒト-マウス、ヒト-ラット間の保存領域のデータベースです。保存領域に対するBLASTサーチ・遺伝子名やキーワードによる検索を行うことができ、ゲノムアラインメントごとに様々な解析結果（塩基置換率・GC含有率のウィンドウ解析など）をグラフィカルに表示します。		H-InvDB Web serviceでは、H-InvDBのデータを利用することができる様々なSOAPおよびREST APIを提供しています。どなたでもH-InvDB Web serviceを利用したアプリケーションの開発が可能になります。
	H-GOLD(GDBS) 遺伝子多様性データベース公開システム		HEAT H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール
サービス終了しました。関連システム：SNP-system		H-InvDBが持つ豊富なアノテーションを利用し、利用者が指定したヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。