H-InvDB x AHG DB
H-InvDB x AHG DB
H-InvDB_8.3 released on March 26, 2013.
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ニュース

2014-04-24  H-Gold サービス終了

2014-04-24  2014年4月20日 H-InvDB公開10周年を迎えました!

2014-04-24  一部のH-InvDBサテライトデータベース サービス終了
- 以下のサテライトデータベースのサービスを終了しました。
  LEGENDA (疾患情報テキストマイニングデータベース)
  TACT (統合自動アノテーションツール)
  DNA ProbeLocator (マイクロアレイプローブデータベース)
  H-Exp (ヒト遺伝子発現プロファイルデータベース)

2013-07-29  H-InvDB_8.3 データ修正
- PPI情報のデータの誤りを修正しました。
- データ公開日・更新日の情報が漏れていた点を修正しました。
- 更新されたダウンロードファイルは以下の通りです。
  全HIXデータセット ( FLOCUS.gz  XLOCUS.gz)
  全HITデータセット ( FCDNA.gz  XCDNA_1.gz  XCDNA_2.gz  XCDNA_3.gz  XCDNA_4.gz  XCDNA_5.gz)
  全HIPデータセット ( FPROTEIN.gz  XPROTEIN_1.gz  XPROTEIN_2.gz  XPROTEIN_3.gz  XPROTEIN_4.gz

2013-04-20  2013年4月20日 H-InvDB公開9周年を迎えました!

2013-03-26  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 8.3」をリリース
- オルソログ情報の更新
- タンパク質間相互作用(PPI)データ更新、PPI view更新
- サブデータベース更新:発現(H-ANGEL)

2012-12-21  H-InvDB_8.0 データ修正
- 公開データから漏れていた一部のレコードを復旧しました。(Link : HIT HIX HIP)
- SNP情報のバグを修正し、漏れていたデータを復旧しました。
- その他、細部のバグを修正しました。

2012-12-21  H-InvDBに関する論文出版(NAR database issue 2013)

2012-12-21  タンパク質複合体データベース「略称PCDq」をリリース
PCDq is a human protein complex database with quality index, which tells us the evidence level as members of the protein complex. We predicted human protein complexes from integrated PPI network data by finding densely connected regions with their cluster properties in the PPI network. We annotated the predicted complexes with our defined procedures by human curators that confirm the existence of the complex actually available in references. We integrated data entities such as protein function, localization, structure, expression profile, gene locus, and binary interactions among complex member proteins and complex outside adjacent proteins.
URL: http://h-invitational.jp/hinv/pcdq/

2012-12-21  ヒトタンパク質データベース「略称H-EPD」をリリース
H-Inv Extended Protein Database (H-EPD) provides comprehensive, non-redundant human protein sequences, including both curated and predicted human proteins. It was made by merging H-Inv proteins (predicted from transcriptome) with UniProtKB/Swiss-Prot and RefSeq proteins (curated). H-EPD was designed as a reference database for human proteome research.
URL: http://hinv.jp/hinv/h-epd/

2012-04-20  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 8.0」をリリース
リリース8.0では主に下記のものが新しくなりました。
- ヒト転写産物HIT 249,012件, ヒト遺伝子座HIX 45,847件
- ヒトゲノム(NCBI b37.1, UCSC hg19)を基に全アノテーションデータを更新
- マッピング位置データを新たにGFF3形式で公開しました [ダウンロード/配列解析データセット]
- サブデータベース:疾患(DiseaseInfo Viewer)、発現(H-ANGEL)、ゲノムブラウザ(G-integra)更新

README

2010-09-10 Erratum H-InvDB_7.5 Evolaアノテーション情報
2010-09-10に公開したH-InvDB_7.5 Evolaデータに誤りがありました。 下記リストの19,561件のデータについて後日修正を予定しています。
Link : erratum20100910.txt

2010-09-10  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 7.5」をリリース
リリース7.5では主に下記のものが新しくなりました。
- 予測遺伝子の選定条件の改良によるヒト遺伝子の再定義
- ヒト転写産物HIT 242,813件, ヒト遺伝子座HIX 44,806件
- スプライシング判定条件(RASV)の改良、H-DBAS更新
- タンパク質間相互作用(PPI)データ更新、PPI view更新
- サブデータベース更新:ゲノムブラウザ(G-integra)、疾患(DiseaseInfo Viewer)、発現(H-ANGEL)、遺伝子ファミリー(Gene family/groups)更新

README

2010-03-31 Erratum H-InvDB_7.0 アノテーション情報
2010-Feb-16に公開したH-InvDB_7.0データに誤りがあり修正を行いました。
詳細は下記ファイルでご確認頂けます。
リンク:erratum20100331.txt

2010-02-16  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 7.0」をリリース
リリース7.0では主に下記のものが新しくなりました。
- ヒト転写産物HIT 296,912件, ヒト遺伝子座HIX 46,499件
- ヒトゲノム(NCBI b37.1, UCSC hg19)を基に全アノテーションデータを更新
- 新規メイン画面"Protein view"(sample)公開
- 糖タンパク質データベース(GlycoProtDB)との連携
- 実験用リソース(NBRC HGPD)との連携
- ゲノムブラウザ(G-integra):生物種追加(オランウータン)
- サブデータベース:疾患(DiseaseInfo Viewer)、発現(H-ANGEL)、遺伝子ファミリー(Gene family/groups)更新

README

2010-01-14  HEATシステムの更新
H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール (HEAT)の機能を大幅に更新しました。GOやKEGG pathwayなど8種類のア ノテーションに加え、新たにJASPARデータベースに基づくプロモータ領域の共 通モチーフを発見できるようになりました。また、対応IDが増え、ダウンロー ド機能がつくなど、より使いやすくなりました。ぜひHEATをご利用ください。

2009-04-08  GSEAのための「H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール(略称HEAT)」を公開
H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール(英語名H-InvDB Enrichment Analysis Tool、略称HEAT)を公開しました。これは、独自に開発しているヒト遺伝子と転写産物に関する統合データベースH-InvDBが持つ豊富なアノテーションを利用し、利用者が指定したヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目の中から、染色体バンド、遺伝子ファミリー、Gene Ontology (GO)、機能ドメイン(InterPro)、構造ドメイン(SCOP)、KEGGパスウェイ、細胞内局在予測(Wolf PSORTによる)、組織特異的遺伝子発現(H-ANGELデータベースによる)を対象として、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis(GSEA)と呼ばれています。
URL: http://hinv.jp/HEAT/

2009-03-30  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 6.2」をリリース
リリース6.2では主に下記のものが新しくなりました。
- ヒト転写産物HIT 219,765件, ヒト遺伝子座HIX 43,161件
- NEDO-PJアノテーショントピックページ新規公開
- NEDO-PJアノテーションG-integra比較ゲノムトラック公開
- NEDO-PJアノテーションEvola CSM新規公開
- 糖鎖関連遺伝子データベース(GGDB)との連携
- 分子進化(Evola)、疾患(DiseaseInfo Viewer)、発現(H-ANGEL)、多型アノテーションデータ更新
- 外部データベース対応情報更新(HUGO, EntrezGene)
- 統計情報ページ新規公開

README

2009-02-04 Erratum H-InvDB_6.0アノテーション情報
2008-12-18に公開したH-InvDB_6.0データに誤りがあり修正を行いました。
詳細は下記ファイルでご確認頂けます。
リンク: erratum20090204.txt

2008-12-18  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 6.0」をリリース
リリース6.0では主に下記のものが新しくなりました。
- NCBI B36.2.に基づくアノテーションデータ更新
- ヒト転写産物HIT 219,765件, ヒト遺伝子座HIX 43,161件
- アノテーショントピックページ新規公開
- H-InvDB webサービス拡張(REST拡張、SOAP公開)
- 機能性RNAデータベース(fRNAdb)との連携
- RSSによる更新情報提供開始
- 日本語公式サイト新規公開

README

2008-12-04  BMB2008にてH-InvDB関連ポスター発表
2008年12月9日(火)〜12日(金) 神戸ポートアイランドで開催される第31回日本分子生物学会、第81回日本生化学会合同大会(BMB2008)でH-InvDB関連ポスター発表を行います。
http://www.aeplan.co.jp/bmb2008/

2008-12-04  「経済産業省統合データベースポータルサイト(medals.jp)」公開
経済産業省のライフサイエンス関連プロジェクトの成果であるデータベース、解析ツールの情報を整理した経済産業省統合データベースポータルサイト(medals.jp)」を10/29(水)に公開しました。
サイトの名称はMEDALS(METI Database portal for Life Science)です(METIは経済産業省の略)。
http://medals.jp

2008-10-22  BIRCサイト一時停止のお知らせ
BIRCのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
DDBJ のミラーサイトをご利用ください(http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/).
11月28日(金曜日) 15:00 - 11月29日(土曜日) 24:00

2008-10-22  BIRCサイト一時停止のお知らせ
BIRCのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
DDBJ のミラーサイトをご利用ください(http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/).
11月28日(金曜日) 15:00 - 11月29日(土曜日) 24:00

2008-10-22  BIRCサイト一時停止のお知らせ
BIRCのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
DDBJ のミラーサイトをご利用ください(http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/).
11月28日(金曜日) 15:00 - 11月29日(土曜日) 24:00

2008-10-22  DDBJサイト一時停止のお知らせ
DDBJのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
BIRCサイトをご利用ください(http://h-invitational.jp/hinv/ahg-db/).
10月30日(金曜日) 17:00 - 11月4日(火曜日) 12:00

2008-09-30  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 5.3」をリリース
リリース5.3では、主に下記のものが新しくなりました。
- 分子進化アノテーション修正(Transcript view, G-integra, Evola)
__ URL : http://h-invitational.jp/evola/
- CNV複合検索用データ修正
- 外部データベース対応情報更新(HUGO, EntrezGene, InterPro, GO)
- VarySysDBのGbrowse公開
__ URL : http://h-invitational.jp/varygene/

2008-09-30  BioJapan2008にてH-InvDBデモ開催
2008年10月15日(水)〜17日(金) パシフィコ横浜で開催されるBioJapan2008, World Bisiness ForumでH-InvDBのデモを行います。
http://expo.nikkeibp.co.jp/biojapan/


2008-08-12 BIRCサイト一時停止のお知らせ
BIRCのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
2008年 8月19日(火) 午前4時30分〜午前6時30分までの間の約60分程度
DDBJ のミラーサイトをご利用ください(http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/).

2008-04-30 Erratum H-InvDB_5.0 Evolaアノテーション情報
2007-Dec-26に公開したH-InvDB_5.0 Evolaデータに誤りがありました。 下記リストの1,149件のデータについて後日修正を予定しています。
該当IDリスト

2008-03-28 H-InvDB URL変更のお知らせ
この度2008年3月7日より、H-InvDB URLを下記のように変更致しました。

現)http://jbirc.jbic.or.jp/hinv/
新)http://h-invitational.jp/hinv/

リンク設定やブックマークの更新をお願い致します。

2008-01-30 Erratum H-InvDB_5.0アノテーション情報
2007-Dec-26に公開したH-InvDB_5.0データに誤りがあり修正を行いました。
詳細は下記ファイルでご確認頂けます。
リンク: erratum20080130.txt

2008-01-30  new Advanced Search (pre release)公開
新検索システムをプレ公開しました。Naviからご利用ください。

2007-12-26  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 5.0」をリリース
このメジャーリリースでは、主に下記のものが新しくなりました。
- NCBI B36.2のヒトゲノム配列に基づき全データを更新
- 187,156件のヒト転写物に基づいて36,073個のヒト遺伝子のクラスター(座位)を定義。124,280件のヒトタンパク質(HIP)に対するアノテーション情報を公開
- 新規IDとしてヒト遺伝子ファミリー・グループに対するH-Invitational gene family/group ID (HIF ID)を公開
- 予測遺伝子アノテーション公開(eHIT, pHIT)
- アノテーション情報拡張
    * 遺伝子ファミリー・グループアノテーション
    * タンパク質間相互作用(PPI)情報
    * 機能性RNAアノテーション情報
    * 配列クオリティー情報
- Web service公開 (REST protocol)
- G-integraEvolaの生物種を増やし、合計14生物種のデータを公開

2007-11-22  JBIRCサイト一時停止のお知らせ
JBIRCのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
DDBJ のミラーサイトをご利用ください(http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/).
11月30日(金曜日) 16:00 - 12月1日(土曜日) 24:00。

2007-09-27  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 4.6」をリリース
リリース4.6では、主に下記のものが新しくなりました。
- Probe情報公開 (DNAチップ研究所、アフィメトリクス、アジレント)
(from DNAProbeLocator: http://www.jbirc.jbic.or.jp/DNAProbeLocator/)
- H-InvDB用語集公開(日本語と英語)
http://jbirc.jbic.or.jp/hinv/help/help_Glossary_jp.html
- SNPアノテーションデータ修正
- RASV (Representative Alternative Splicing Variant) 機能アノテーション更新
- 外部データベース対応情報更新(HUGO, EntrezGene)

2007-08-01  Erratum多型情報
特定のゲノム上領域に存在する20,263件の転写産物(HIT)の多型情報に誤りがあります。詳細は以下サイトでご確認頂けます。
リンク : erratum20070801.txt
VaryGene : http://www.jbirc.jbic.or.jp/varygene/

2007-06-27  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 4.3」をリリース
リリース4.3では、主に下記のものが新しくなりました。
- アノテーションデータ(ncRNA、SNP)更新
- ミトコンドリア遺伝子アノテーション修正
- 外部データベース対応情報更新(HUGO, EntrezGene, InterPro, GO)
- 遺伝子ファミリーアノテーション(日本語ページ)公開
__ URL : http://h-invitational.jp/hinv/genefamily/index_ja.cgi
- 分子進化アノテーションデータベース、Evola更新
__ URL : http://jbirc.jbic.or.jp/hinv/evola/
- 新規多型データベース、VaryGene公開
__ URL : http://www.jbirc.jbic.or.jp/varygene/

2007-06-08  Evola HUMOTプロジェクトで推奨
- Human and Mouse Orthologous Gene Nomenclature project -
http://www.genenames.org/activities/humot/index.html

HUMOT (Human and Mouse Orthologous Gene Nomenclature) は、ヒト/マウスのオルソログ関係より、等価な遺伝子名を推奨する事を目的として、HGNC及びMGIによってサポートされています。
ヒトとモデル生物とのオルソログ情報を格納する分子進化データベースであるEvola
http://jbirc.jbic.or.jp/hinv/evola/
がこの度、ヒト-マウスオルソログ遺伝子のリソースの一つとしてHUMOTプロジェクトで推奨されました。

2007-05-11  国際学会HGM2007にてH-InvDBのポスター発表
2007年5月21日-24日 カナダ・モントリオールで開催されるHUGO's 12th Human Genome Meeting (HGM2007)でH-InvDBのポスター発表を行います。
http://hgm2007.hugo-international.org/

"Extended annotation for the integrated database of human transcriptome, H-InvDB" 山崎他
"H-DBAS: Alternative Splicing Database of Completely Sequenced and Manually Annotated Full-length cDNAs Based on H-Invitational" 武田他

2007-04-25  JBIRCサイト一時停止のお知らせ
JBIRCのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なネットワークメンテナンスのために利用できません。
4月26日(木曜日) 02:00 - 4月26日(木曜日) 04:00。

2007-03-30  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 4.0」をリリース
このメジャーリリースでは、主に下記のものが新しくなりました。
- NCBI B36.1へのヒトゲノム配列データに対応
- 175,542件のヒト転写物に基づいて34,701個のヒト遺伝子のクラスター(座位)を定義(全データ更新)
- 遺伝子ファミリーのアノテーション (TCR, Ig, MHC, Olfactory receptors)公開
- ゲノムからの予測遺伝子公開(G-integra)
- Advanced/Navi search
- Transcript view/Locus view
- G-integra 及び Evola で生物種増加(+8で12種)

2007-01-24  ミラーサイト一時停止のお知らせ
遺伝研の機器類メンテナンスのため、一部のサービスが下記の期間が利用できません。
2007年1月26日(金曜日)17:00 - 2007年1月28日(土曜日)13:00。
停止するDB:
*ミラーH-InvDB
http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/ahg-db/index.jsp
* H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File server
http://hinv.ddbj.nig.ac.jp/ (English)
http://hinv.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html (Japanese)

2006-12-20  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 3.8」をリリース
リリース3.8では以下の内容が新しくなりました。
- PPI view (タンパク質間相互作用情報)公開
- 外部データベース(HUGO/Entrez Gene)対応情報更新
- アノテーションデータ(SNP, ncRNA, AS)更新
- BLASTサーバ・ヘルプデスク日本語ページ公開
- H-DBAS(選択的スプライシングデータベース)公開

2006-12-05  ミラーサイト一時停止のお知らせ
遺伝研の機器類メンテナンスのため、一部のサービスが下記の期間が利用できません。
2006年12月9日(土曜日)8:00 - 2006年12月9日(土曜日)18:00。
停止するDB:
*ミラーH-InvDB
http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/ahg-db/index.jsp
* H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File server
http://hinv.ddbj.nig.ac.jp/ (English)
http://hinv.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html (Japanese)

2006-11-30  日本分子生物学会2006フォーラムにてH-InvDBの発表・デモ
日本分子生物学会2006フォーラム(名古屋国際会議場)においてH-InvDBの発表・デモを行います。 開催日:2006年12月6日(水)?8日(金)
詳細はこちらをどうぞ
http://jbirc.jbic.or.jp/hinv/ahg-db/presentation.jsp
MBSJ 2006 Forum
http://www.aeplan.co.jp/mbsj2006forum/

2006-11-06  JBICサイト一時停止のお知らせ
JBICのH-InvDBサーバーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
DDBJ のミラーサイトをご利用ください(http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/).
11月24日(金曜日) 15:00 - 11月25日(土曜日) 24:00。

2006-11-06  ミラーサイト一時停止のお知らせ
遺伝研の停電のため、一部のサービスが下記の期間が利用できません。
2006年11月10日(金曜日)17:00 - 2006年11月13日(月曜日)10:00。
利用できないサービス
*ミラーH-InvDB 
http://hinvdb.ddbj.nig.ac.jp/ahg-db/index.jsp
* H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File server
http://hinv.ddbj.nig.ac.jp/ (English)
http://hinv.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html (Japanese)

2006-09-28  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 3.6」をリリース
リリース3.6では以下の内容が新しくなりました。
- 外部データベース(HUGO/Entrez Gene)対応情報更新
- 分子進化データベースEvola(エボラ)の更新
- H-InvDBメールマガジン発行開始・ユーザ登録システム開始
- H-InvDBメール配信登録システム
- 日本語サイトマップ・ダウンロードサイト公開

2006-08-01  H-InvDBメルマガ創刊
H-InvDBのメールマガジンを創刊しました。登録、バックナンバーはこちらです。
http://jbirc.jbic.or.jp/hinv/mag/

2006-07-01  統合的自動アノテーションツール(TACT)公開
H-InvDBでの自動解析;相同性検索、ORF予測、モチーフ検索の解析を統合し、 真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステム (TACT: Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool)を公開しました。 [Nucl. Acids Res. 2006 34]
http://www.jbirc.jbic.or.jp/tact/

2006-06-23  ヒト全遺伝子アノテーションデータベース(H-InvDB)がリリース3.4に更新。
リリース3.4では以下の内容が新しくなりました。
- Non-protein-coding RNAアノテーション更新
- Transcribed pseudogeneアノテーション更新
- 外部データベース(HUGO/Entrez Gene)対応情報更新
- 日本語ヘルプドキュメント
- 分子進化データベースEvola(エボラ)
  (データおよび検索システム)

2006-03-31  H-InvDB 3.0 (ヒト遺伝子アノテーション統合データベース)をリリース
このメジャーリリースでは下記のものが新しくなりました。
- 167,992件のヒト転写物に基づいて35,005個のヒト遺伝子のクラスター(座位)を定義。
- 2005年3月1日時点のデータに基づくアノテーション(注釈)の更新。
- NCBI B35.1へのヒトゲノム配列データに対応。
- ナビゲーション(ガイド)つきサーチ機能。
- サイトマップ
- トップページとヘルプページの更新(トップページは日本語版に対応)

2006-03-31  国際学会HGM2006にてH-InvDBのポスター発表
第11回ヒトゲノム会議(HUGO主催) [2006年5月31日から6月3日(ヘルシンキ、フィンランド)]
http://hgm2006.hugo-international.org/
「H-Invitationalデータベースの最近の進歩、人間のTranscriptomeの統合データベース」今西規、他。
「TACT: H-InvDBのTranscriptomeの自動注釈を行なうツール」山崎千里、他。

2006-01-27  H-InvDB 2.4をリリース
このマイナーリリースでは下記のものが新しくなりました。
-外部データベース(HUGO/Entrezの遺伝子)のIDの更新。
-スプライシングアイソフォーム (パターン分類)アノテーション追加。

2006-01-11  ミラーサイト停止
DDBJのH-InvDBミラーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
1月13日(金曜日) 9:00 - 13:00。

2005-11-30  H-InvDB 2.2をリリース
このマイナーリリースでは下記のものが新しくなりました。
- 外部データベース(HUGO/Entrezの遺伝子)のID更新。
- SNPアノテーション更新。
- 遺伝子発現プロファイルのデータベース(H-ANGEL)のデータテーブルをダウンロードページに準備。

2005-11-21  ミラーサイト停止
DDBJのH-InvDBミラーは次の期間、一時的なメンテナンスのために利用できません。
12月2日(金曜日) 17:00 - 12月3日(土曜日) 22:00。