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Dataset	operated by: AND OR

	1. Keyword or ID

	2. Gene structures

	3. Alternative splicing (AS) variants

	4. Non-coding functional RNAs

	5. Protein functions

	6. Functional domains

	7. Subcellular localization

	8. Metabolic pathways

	9. Protein 3D structures

	10. Genetic polymorphisms

	11. Gene expression

	12. Relation with diseases

	13. Molecular evolution

	14. Protein-protein interactions

	15. Gene families/groups

	16. Transcript info.

1. Keyword or ID

Select a search item in pull-down menu. (* for keywords and the others for IDs) [more]

*for keywords and the others for IDs	for	Keyword::
		File upload::

2. Gene structures

Search for the mapping information onto the human genome; chromosome number, location, strand, chromosome band. [more]

example:

Chromosome number		Chromosome band
Location	start end	Strand	+ -
Length	<= (bp)	CDS Length	<= (a.a.)

3. Alternative splicing (AS) variants

Search for the identified alternative splicing variants and alternative splicing patterns. [more]

example:

Number of representative AS variants (RASVs)

Splice site

GT-AG AT-AC GC-AG other

AS location

5'-end internal 3'-end 5'-UTR CDS 3'-UTR

=AS pattern

Cassette
Internal acceptor
Internal donor
Mutually exclusive
Retained Intron

4. Non-coding functional RNAs

Search for the classification of non-ptotein-coding transcript (ncRNA) and long/short type annotation. [more]

example:

Classification of ncRNA	Identical to known ncRNA Similar to known ncRNA Putative ncRNA Uncharacterized transcript Unclassifiable transcript
Type	short long
fRNAdb ID (FR ID)	e.g. FR313620	fRNAdb Accession (FR ACC)	e.g. DQ581678

5. Protein functions

Search for the human-curated functional definition, similarity category and related evidences; Gene name; HUGO gene symbols; EC number and gene ontology (GO) annotation of molecular function. [more]

example:

Definition

Similarity category

Identical to known human protein (Category I)	Similar to known protein (Category II)
IPR domain containing protein(Category III)	Conserved hypothetical protein (Category IV)
Hypothetical protein (Category V)	Hypothetical short protein (Category VI)
Pseudogene candidate (Category VII)

Gene name/symbol

e.g. ASB3

Protein name

e.g. Ig kappa chain C region.

EC name

e.g. EC 2.4.1.22 or lactose synthase

GO: molecular function

e.g. nucleic acid binding

6. Functional domains

Search for the location, ID and descriptions of functional domains (InterPro). [more]

example:

InterPro domain ID	e.g. IPR001675	InterPro domain name	e.g. Sialyltransferase
Domain type		Length	<= (a.a.)

7. Subcellular localization

Search for the subcellular localization prediction by WolfPSORT, Target P, SOSUI, TMHMM PTS1, and gene ontology (GO) annotation of cellular component. [more]

example:

WoLF PSORT		TargetP
SOSUI		TMHMM
GO: cellular component	e.g. nuclear exosome

8. Metabolic pathways

Search for the metabolic pathway information (KEGG) and gene ontology (GO) annotation of biological process. [more]

example:

KEGG pathway ID	e.g. 00052	KEGG pathway name	e.g. Galactose
GO: bilogical process	e.g. RNA processing

9. Protein 3D structures

Search for the assigned PDB and SCOP IDs by GTOP. [more]

example:

PDB ID	e.g. 1adeA	SCOP ID	e.g. d.169.1.4
% ID	<= (%)	% COV	<= (%)

10. Genetic polymorphisms

Search for the polymorphism (SNP, indel), microsatellite (Short Tandem Repeat, STR) and copy number variation (CNV). [more]

example:

Types of variation	SNP Indel Microsatelite(STR) Copy number variation(CNV)
Feature of variation	5'-UTR CDS 3'-UTR synonymous nonsynonymous

11. Gene expression

Search for the tissue-specific expression in 10 tissue categories determined by iAFLP data (JBIRC), Affimetrix probe information and promotor motif. [more]

example:

Tissue-specific expression

% expression:

Probe

Affimetrix probe ID: e.g. 200644_at

Promoter [help]

Promoter motif upstream of TSS <= (bp)

Anti-sense cluster

yes no

12. Relation with diseases

Search for the known disease-related genes and co-localized orphan pathology with the name of the disease and OMIM ID. [more]

example:

OMIM ID	e.g. 104170	Disease name	e.g. Gastric cancer
OMIM	yes no	MutationView	yes no

13. Molecular evolution

Search for the orthologs and the genome conservation of human genes against 13 model organisms. [more]

example:

Species
Ortholog data	yes no	protein identity	<= (%)
Genome conservation	yes no at ultraconserved element (UCE) in exon or intron (100% identity and 200 bp)

14. Protein-protein interactions

Search for the human protein-protein interactions (PPIs). [more]

example:

Number of interacting partners	<=

15. Gene families/groups

Search for the gene family/groups. [more]

example:

Immunoglobulin (Ig) Major histocompatibility complex (MHC) T-cell receptor (TCR) Olfactory receptor (OR)
e.g. Rhodopsin-like GPCR superfamily

16. Transcript info.

Search for the quality related features; NMD, pseudogene, repeat and readthrough. [more]

example:

Mol_type		Sequence data provider
Curation status	Human curated Auto-annotated	Feature	NMD Readthrough Repeat
Coding potential	Protein-coding transcripts Non-protein-coding transcripts Pseudogene candidates

Select search contents

operated by: AND OR

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