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検索コンテンツ

データセット	operated by: AND OR

	1. キーワード/ID検索

	2. 遺伝子構造

	3. 選択的スプライシング変異体

	4. 機能性RNA

	5. 遺伝子機能

	6. 機能性ドメイン

	7. 細胞内局在

	8. 代謝パスウェイ

	9. タンパク質立体構造

	10. 多型情報

	11. 遺伝子発現

	12. 疾患との関連

	13. 分子進化的解析

	14. タンパク質間相互作用 (PPI)

	15. 遺伝子ファミリー・グループ

	16. 転写産物情報

1. キーワード/ID検索

プルダウンメニュから検索項目を選択し、キーワードまたはIDをテキストボックスに入力して検索してください。
* キーワード検索項目、その他はID検索項目です。ID検索はIDファイルをアップロードして検索する事もできます。[more]

*キーワード検索項目	for	キーワード::
		ファイル・アップロード::

2. 遺伝子構造

染色体番号、染色体上の位置、ゲノムのストランド、染色体バンドなどのヒトゲノム上でのマッピング/遺伝子構造に関する情報から検索できます。[more]

example:

染色体番号		染色体バンド
染色体上の位置	start end	ストランド	+ -
塩基配列長	<= (bp)	アミノ酸配列長	<= (a.a.)

3. 選択的スプライシング変異体

選択的スプライシングバリアント、スプライシングパターンおよびスプライスサイトパターンから検索できます。代表的なスプライシングバリアントをRepresentative AS Variant; RASVと呼んでいます。[more]

example:

HIXあたりのRASV数

スプライスサイト

GT-AG AT-AC GC-AG other

選択的スプライシング位置

5'-end internal 3'-end 5'-UTR CDS 3'-UTR

選択的スプライシングパターン

Cassette
Internal acceptor
Internal donor
Mutually exclusive
Retained Intron

4. 機能性RNA

既知の機能性RNAに対して配列相同性の有無や、判別解析を用いたアノテーションに関する情報から検索できます。[more]

example:

ncRNAの分類	Identical to known ncRNA Similar to known ncRNA Putative ncRNA Uncharacterized transcript Unclassifiable transcript
タイプ	short long
fRNAdbとの対応	fRNAdb ID(FR ID)	e.g. FR313620
	fRNAdb Accession (FR ACC)	e.g. DQ581678
	H-InvDBとの重なり	Overlap feature CDS 5'UTR 3'UTR Overlap region exon intron Strand sense anti-sense

5. 遺伝子機能

H-Invプロジェクトによる遺伝子機能定義(definition)および分類(similarity category)、遺伝子名、ジーンオントロジー情報 (GO: Gene ontology)等に関する情報から検索できます。[more]

example:

Definition

カテゴリー

Identical to known human protein (Category I)	Similar to known protein (Category II)
IPR domain containing protein(Category III)	Conserved hypothetical protein (Category IV)
Hypothetical protein (Category V)	Hypothetical short protein (Category VI)
Pseudogene candidate (Category VII)

遺伝子名/シンボル

e.g. ASB3

タンパク質名

e.g. Ig kappa chain C region.

酵素名

e.g. EC 2.4.1.22 or lactose synthase

ジーンオントロジー（GO）:分子機能

e.g. nucleic acid binding

6. 機能性ドメイン

翻訳アミノ酸配列上に予測された機能性モチーフIDおよび名称(InterPro)から検索できます。[more]

example:

InterProドメインID	e.g. IPR001675	InterProドメイン名	e.g. Sialyltransferase
ドメインタイプ		ドメイン長	<= (a.a.)

7. 細胞内局在

WoLF PSORT、Target P、SOSUI、TMHMM、PTS1の5種のプログラムによる細胞内局在予測に関する情報から検索できます。[more]

example:

WoLF PSORT		TargetP
SOSUI		TMHMM
ジーンオントロジー（GO）:細胞内局在	e.g. nuclear exosome

8. 代謝パスウェイ

代謝経路情報(KEGG)に関する情報から検索できます。[more]

example:

KEGGパスウェイID	e.g. 00052	KEGGパスウェイ名	e.g. Galactose
ジーンオントロジー（GO）:生物プロセス	e.g. RNA processing

9. タンパク質立体構造

GTOPによる立体構造予測結果の概要(reverse PSI-BLAST法によるPDBおよびSCOP ID)に関する情報から検索できます。 [more]

example:

PDB ID	e.g. 1adeA	SCOP ID	e.g. d.169.1.4
% ID	<= (%)	% COV	<= (%)

10. 多型情報

一塩基多型(SNPs)、マイクロサテライト、反復配列などのアノテーション情報から検索できます。[more]

example:

多型分類	SNP Indel Microsatelite(STR) Copy number variation(CNV)
多型属性	5'-UTR CDS 3'-UTR synonymous nonsynonymous

11. 遺伝子発現

10の発現組織カテゴリーに分類された遺伝子発現の組織特異性、プローブID、プロモーター情報などから検索できます。[more]

example:

組織特異的遺伝子発現

発現率:

プローブ情報

Affimetrix probe ID: e.g. 200644_at

プロモーター [help]

プロモーターモチーフ転写開始点上流 <= (bp)

アンチセンス遺伝子の有無

有無

12. 疾患との関連

疾患名およびOMIM ID、またMutationViewデータベースに登録された変異情報から検索できます。[more]

example:

OMIM ID	e.g. 104170	OMIM疾患名	e.g. Gastric cancer
OMIM疾患情報の有無	有無	MutarionView情報の有無	有無

13. 分子進化的解析

ヒト遺伝子について、13種のモデル生物に対するオルソログ遺伝子とゲノム保存性を検索できます。 [more]

example:

生物種
オーソログデータの有無	有無	タンパク質配列の一致度	<= (%)
ゲノム保存性	有無領域: 転写領域中に超高度保存領域(100% identity and 200 bp)が存在

14. タンパク質間相互作用 (PPI)

ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction) 情報から検索できます。[more]

example:

相互作用パートナー数	<=

15. 遺伝子ファミリー・グループ

ヒト遺伝子ファミリーに関するアノテーション情報から検索できます。[more]

example:

免疫グロブリン(Ig) 主要組織適合遺伝子複合体(MHC) T細胞受容体(TCR) 嗅覚受容体(OR)
e.g. Rhodopsin-like GPCR superfamily

16. 転写産物情報

転写産物の由来と配列クオリティーに関するアノテーション情報から検索できます。[more]

example:

配列種別		配列提供機関
ステータス	Human curated Auto-annotated	特徴	NMD Readthrough Repeat
コーディングポテンシャル	Protein-coding transcripts Non-protein-coding transcripts Pseudogene candidates

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operated by: AND OR

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