H-InvDB x AHG DB
Gene family annotation
H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015.
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H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループ

HIF0000001 免疫グロブリン(Ig) [ダウンロード]

定義: 免疫グロブリン(Immunoglobulin: Ig)は免疫反応に必要不可欠なタンパク質であり、重鎖(heavy chain)と軽鎖(light chain:κ,λ)から成るY字型の4本鎖構造をしています。H-InvDBの Ig データセットではIgの重鎖と軽鎖の遺伝子情報を提供しています。このデータセットは、文献に基づくゲノム位置や配列相同性、遺伝子名の記述などを参考にして、手動による精査を行い作成しました。

HIF0000002 主要組織適合遺伝子複合体(MHC) [ダウンロード]

定義: 主要組織適合性複合体(Major Histocompatibility Complex: MHC)は、免疫応答においてT細胞に抗原提示を担うタンパク質群であり、これらMHCをコードする遺伝子群は、6p21.3の染色体バンド上に多重遺伝子族を形成して存在し、ヒトゲノム中で最も高度な多型性を示すことで知られています。 MHCハプロタイププロジェクト(サンガーセンター)で決定されたMHC遺伝子カタログ(http://www.sanger.ac.uk/HGP/Chr6/XMHC/xlist.shtml)を参考に、配列の相同性およびキーワード検索により抽出した転写産物を用いて、機能的なヒトMHC遺伝子をより詳細に注釈づけしました。

HIF0000003 T細胞受容体(TCR) [ダウンロード]

定義: T細胞受容体(TCR)はT細胞の表面に存在する抗原特異的な受容体です。TCRは、αおよびβ鎖、あるいは、γおよびδ鎖で構成されるヘテロ二量体で、MHCによって提示された抗原を特異的に認識し、免疫系において中心的な役割を担っています。 H-InvDBのTCRデータセットは、文献情報や既知のタンパク質との配列相同性などを参考に独自の基準で収集し、精査を加えたデータセットです。

HIF0000004 嗅覚受容体(OR) [ダウンロード:H-InvDB ORs] [ダウンロード:ORs of Niimura & Nei(2003) (塩基配列FASTAファイル, アミノ酸配列FASTAファイル)]

定義: 嗅覚は食物の安全性の判断、仲間や子の判別、危険の回避など、生命の維持に重要な働きをします。嗅覚の最初のステップは、匂い物質と嗅覚受容体の結合です。この受容体をコードする嗅覚受容体遺伝子は、多種多様な匂い物質を識別するため、動物で最大の遺伝子ファミリーを形成しています。 H-InvDBの嗅覚受容体データセットは、Niimura and Nei (2003) の改良された予測方法と遺伝子名の記述を参考に定義し、発現情報とともに公開しています。

Predicted human gene family/group (HIF0000005 to HIF0003438) [ダウンロード]

定義: 配列相同性と機能性モチーフにより複数の遺伝子座で構成される遺伝子のグループに分類し、ヒト遺伝子ファミリー・グループをH-Invitational gene family/group(HIF)と定義し各遺伝子ファミリー・グループ単位にIDと名称を付与しました。