6.1 H-InvDBのアノテーションデータ使用上の制限はありますか?
6.2 H-Inv cDNA の実験用クローンは入手可能ですか?
6.3 実験用クローンの入手方法を教えて下さい。
6.4 H-Inv cDNA のアノテーションデータはどのように入手できますか?
6.5 H-InvDBの全件データダウンロードの方法を教えて下さい。
6.6 H-InvDBの動作環境について教えて下さい。
6.7 画面の表示言語はどのように変更できますか?
6.8 Locus view/G-integraなどでの配列の色分けについて教えて下さい。
H-Invitational コンソーシアムの方針により、全てのアノテーションデータは学術的目的利用に制限はありません。論文中での引用方法につきましては後述の “7. H-InvDBを引用するには“のセクションをご参照下さい。
H-InvDBに登録されているcDNAは全て国際DNAデータバンク(DDBJ/EMBL/GenBank)に登録されており、実験用クローンの入手が可能です。
実験用クローンの入手方法は各々の配列提供機関の提供方法に準じています。個別のcDNAについてはcDNA view内の"cDNA information"セクションに配列提供機関へのリンクがありますので配列提供機関へ直接お問い合わせ下さい。
H-Inv DBに登録されている完全長cDNAは日本・アメリカ・ドイツ・中国の6つの完全長cDNA配列解読プロジェクトから提供されています。
HUGE: Human Unidentified Gene-Encoded Large Proteins (KDRI)
Institute of Medical Science, University of Tokyo (IMSUT)
Hunt: HUman Novel Transcripts (HRI)
German Human cDNA Project (DKFZ/MIPS)
Mammalian Gene Collection (MGC/NIH)
Chinese National Human Genome Center (CHGC)
Full-Length cDNA Japan (FLJ) Project
特定のcDNAについてのアノテーションデータを検索するには下記のような方法が可能です。
1.国際DNAバンクのID(アクセッション番号)で検索する。
2.塩基配列を入力して配列の相同性で検索する
3.cDNAの特徴(遺伝子名や疾患との関連など)をもとに検索する。
具体的には下記のように検索を実行できます。
例1: H-InvDBのトップページ右上にある検索フィールドのプルダウンメニューから"ACCESSION NUMBER"を選択し、国際DNAバンクのID(アクセッション番号)を入力して検索できます。
例2: 塩基配列を入力して検索を実行する場合は、"BLAST"のメニューを選択し、塩基配列のFASTAファイルを入力し"Search".のボタンを押して検索を実行して下さい。
例3: 遺伝子の特徴から検索するには、"Advanced search"または"Navi"のメニューをご利用下さい。各メニュー内の遺伝子の特徴を指定して検索を実行することができます。
検索結果画面からは、HIT(cDNA)またはHIX(クラスター)から各個別ファイルのページへリンクしています。
H-InvDBでは全てのアノテーションを、HTTPおよびFTPサイトから3種のダウンロードファイル形式で提供しています。
HTTP: http://h-invitational.jp/hinv/dataset/download.html
FTP: ftp://hinv.ddbj.nig.ac.jp/
用途に応じてフラットファイルまたはXMLファイル形式のファイルをご利用下さい。
このサイトは、以下の環境で動作確認を行いました。
H-InvDBではTopページおよびドキュメントのページを日本語と英語で提供しています。表示画面の言語の変更は、画面内のリンクをクリックするか、または、ブラウザの言語設定で変更できます。たとえば、Internet Explorer 6.0では“ツール"“インターネットオプション"“言語の優先順位"のメニューで設定できます。
Locus viewやG-integraではH-InvDBの解析対象配列のエキソンを下記の4通りに色分けしています。
(淡い緑色): H-Inv full-length cDNA
(濃い緑色): Other mRNA
(青): RefSeq
(オレンジ): Ensembl