H-Invitational プロジェクトのサブ・サテライトデータベースおよびツールの紹介

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	MEDALS (METI Database portal for Life Science) 経済産業省ライフサイエンス統合データベースポータルサイト
MEDALSは、経済産業省のライフサイエンス関連プロジェクトの成果であるデータベースと解析ツールの情報を整理したポータルサイトです。

	Locus view 遺伝子座アノテーションデータ表示画面		Transcript view 転写産物アノテーションデータ表示画面
Locus viewは、各HIX(H-Invitational cluster) に対するゲノム上の位置、遺伝子構造、選択的スプライシングバリアント、遺伝子発現プロファイル、疾患との関連等のアノテーションデータを提供しています。		Transcript view（旧：cDNA viewまたはmRNA view）は、各HIT(H-Invitational transcript) に対する遺伝子機能、CDS予測、機能性モチーフ予測、ジーンオントロジー（GO）、細胞内局在予測・立体構造予測等のアノテーションデータを提供しています。
	Protein view タンパク質アノテーションデータ表示画面
Protein viewは、各HIP(H-Invitational protein) の機能、機能性モチーフ、細胞内局在予測、翻訳後修飾(PTM)、立体構造予測、相互作用等のアノテーションデータを提供する新規メイン画面です。

	G-integra ゲノムブラウザ		H-ANGEL 遺伝子発現データベース
G-integraは、ヒト、マウス、チンパンジー、ラットなど14生物種のゲノム地図と遺伝子構造を表示することができるゲノムブラウザです。遺伝子、EST、遺伝子予測、反復配列等のゲノム上の位置および構造の比較が可能です。		H-ANGELはヒト遺伝子の発現プロファイルデータベースです。7つのプラットフォーム、3種の実験手法から得られたヒト成人健常人の組織の遺伝子発現データを収集、組織ごとに分類し、各HIXの発現プロファイルを提供しています。
	Evola 分子進化データベース		DiseaseInfo Viewer 疾患関連情報
Evolaはヒトとマウスやラットなどのモデル生物について、比較ゲノム解析とH-InvDBの転写産物解析にもとづくオルソログ情報を格納しています。オルソログとパラログからなる遺伝子ファミリーの種間比較情報も提供しています。		DiseaseInfo Viewerは、既知疾患遺伝子の情報と染色体バンド上に同座する遺伝性の形質についての情報を提供するデータベースです。各HIXとOMIM, MutationViewとの対応を提供しています。
	PPI view タンパク質間相互作用情報		Gene family/group 遺伝子ファミリー詳細アノテーション
PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI: Protein-Protein Interaction) 情報のデータベースです。タンパク質間相互作用データベース（BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct, GNP_Y2H）からデータの収集・統合を行いました。		手動アノテーションで精査された4つの既知遺伝子ファミリー・グループ、および自動アノテーションで定義された予測遺伝子ファミリー・グループについてH-Invitational gene family/group（HIF）と定義し、アノテーション情報を提供しています。

	LEGENDA 疾患情報テキストマイニングデータベース		TACT 統合自動アノテーションツール
LEGENDA は文献から機械的に抽出した疾患と遺伝子の関係のデータベースです。PubMed 全体の文献の要旨中で、遺伝子名と疾患名を識別し、用語の共起関係に基いて遺伝子と疾患の関係を網羅的に解析し、公開しています。		TACTはH-InvDBでの自動解析（相同性検索、ORF予測、モチーフ検索）を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。
	H-DBAS 選択的スプライシングバリアントデータベース		VarySysDB 注釈付けられたヒト多型情報のデータベース
H-InvDBの各遺伝子座に存在する同一エクソン構造を持つ複数のASバリアントから選抜した「代表ASバリアント(RASV)」を定義し機能情報を付与することで、膨大なAS情報を体系的にまとめています。		転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、H-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて整備して公開しています。
	DNAProbeLocator マイクロアレイプローブデータベース		H-Exp ヒト遺伝子発現プロファイルデータベース
アフィメトリクス、アジレント、ならびにDNAチップ研究所から提供された多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを、完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。		ヒト遺伝子の発現プロファイルデータベースです。遺伝子間の発現頻度情報の比較や発現パターンによるソートが可能です。
	G-compass 比較ゲノムブラウザ		H-InvDBウェブサービス SOAP & REST APIs
G-compassは独自の比較ゲノム解析にもとづくヒトとチンパンジー、マウス、ラットなどとの保存領域を表示する比較ゲノムブラウザです。保存領域に対して配列相同性検索(BLAT)や遺伝子名検索を行うことができ、ゲノムアラインメントごとに塩基置換率などを表示します。		H-InvDBウェブサービスでは、H-InvDBのデータを利用することができる様々なSOAPおよびREST APIを提供しています。どなたでもH-InvDBウェブサービスを利用したアプリケーションの開発が可能になります。
	H-GOLD(GDBS) 遺伝子多様性データベース公開システム		HEAT H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール
ゲノム配列を元にin silicoでゲノムワイドに検出し、実際に日本人集団において多型性を確認した約3万のマイクロサテライトマーカーの情報等を格納したデータベースです。		H-InvDBが持つ豊富なアノテーションを利用し、利用者が指定したヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。